所谓自命填空题式医学SCI论文，简单说就是以做一道填空题的方式，自己出题并答题形式完成且要在SCI期刊发表的医学论文。每一篇医学SCI论文都有自己的主干(即观点)，无论是对一个现象的描述，还是对一种机制的探讨，高质量的医学SCI论文总是围绕一个主题，沿着一根主干，深入推进研究，得出结论，同时通过不同的研究手段，从不同的侧面验证每一步研究结果，通过将研究结果的系统整合来说明一个科学问题。因此，这一主干就是“填空题”的题干。围绕其周围的每个部分的分支构成文章的框架。其具体实施有以下几个方面：
一、选择目标杂志确定典型文章。根据这道填空题的难度系数，在梯队里选择典型杂志，并选择示范论文。在对典型杂志的选择上有几点注意：首先要看该杂志最近3～5年的IF，首选IF在最近几年稳中有升的杂志，或者IF一直稳定在较小范围内变化的杂志，尽量不要选择波动较大的杂志；然后可以选择创办时间长，风格稳定的杂志，这类杂志一般有相对固定的阅读人群，文章的结构和风格较为固定，由于历史悠久，往往对其他杂志有一定的影响力；最后根据自己的研究领域选择与自己研究方向相关或相近的杂志。
综合以上几点后选择1～2种SCI收录杂志作为论文撰写参考杂志，同时也是论文撰写完后拟投稿的首选目标杂志。接下来就是在目标杂志中筛选2～3篇与自己研究方向相似，研究内容相近的论著，认真阅读并详细分解。将这几篇杂志按照摘要、引言、结果、讨论、材料与方法等几个部分分解。横向阅读各个部分，提炼出每个部分的共同点，尤其是一些习惯用语，固定句式和结构可以摘录下来，以备后期自己撰写SCI论文时套用；同时将各个部分的结构以提纲形式罗列出来。
二、组合提纲搭建填空题题干。通过前面的工作，把每个部分的共同点以提纲形式罗列出来，然后纵向组合成一篇文章的提纲。这就是自己未来将要撰写的文章骨架，随后将第一部分中研究生自己完善的研究内容和研究方案以要点形式填充到这副骨架中。现在这道填空题的题干就搭建好了。比如，材料和方法中包含自己研究方案中涉及的western-blot，RT-PCR，质粒构建，腺病毒包装等哪几种分子生物学实验方法；以及流式细胞检测，细胞荧光染色，特定细胞培养等哪几种细胞生物学实验方法；结果中根据研究内容需要有5个图来说明5个内容的结果等。
三、构建论文框架完成填空题的自命题。论文的题干完成后，接下来就是搭建完整的论文框架，完成这道自命填空题的题目了。该填空题命题的基础是：一篇论文的每个部分都对应课题设计中的一个环节。课题研究内容对应论文结果，课题研究的技术路线对应论文材料与方法，课题研究的目标对应论文的结论，课题的立项背景和依据对应论文的引言和部分讨论。此时，研究生可以学习前期所看文献时摘录的句式，结合题中相应的内容开始撰写相应内容的论文，并融入自己在第一部分的创新性思想和内容，将其对应放入论文的相应部分，构成论文总体框架。这样一个大致的论文构架就显现出来。
